Lena von Kotzbue war von 2014 bis 2019 als Wissenschaftliche Mitarbeiterin (Post-Doc) am Lehrstuhl für Didaktik der Biologie an der LMU München tätig. Anschließend war sie Assistenzprofessorin und seit 2023 ist sie Assozierte Professorin der Abteilung der Fachdidaktiken Biologie & Umwelbildung und Geograhie & Wirtschaftskunde an der Paris Lodron Universität Salzburg.